В научной литературе история взаимоотношений евреев и Российской империи описывается двумя принципиально противоположными способами. Традиционная школа, основанная историком Симоном Дубновым в конце девятнадцатого века, рассматривала евреев как главных жертв царского самодержавия, чье отношение к евреям было отмечено и определено правительственным антисемитизмом.

Дубнов считал районы империи, в которых евреям разрешалось жить — так называемую Палею Поселений — самым большим гетто в мире, и рассматривал все царское законодательство в отношении евреев как мотивированное предрассудками и ненавистью, кульминацией которых стали погромы, вспыхнувшие против евреев в конце имперского периода, якобы организованные самим российским правительством. Эта точка зрения вошла в массовое сознание и более века определяла отношение потомков российских евреев к собственной истории.

Напротив, в 1970-х и 1980-х годах возникла новая школа написания истории российского еврейства, сначала в США, затем в Израиле и, наконец, в самой постсоветской России. Эта школа рассматривает отношение российского государства к евреям сравнительно, как часть общей национальной политики империи, политики, всегда отмеченной противоречиями и бюрократической неумелостью. С этой точки зрения, антисемитизм не был движущей силой обращения правительства с евреями, которое в целом соответствовало, а в некоторых случаях было более мягким, чем обращение с другими группами населения. Евреям в основном разрешалось продолжать вести традиционный образ жизни и обучать своих детей, в отличие от других меньшинств, чьи родные языки и школьные системы были объявлены государством вне закона. Возможно, наиболее спорным является то, что новая школа российской еврейской историографии утверждает, что погромы против евреев не были организованы или даже одобрены государством, а скорее были спонтанными и незапланированными вспышками городского насилия, вызванными социальными и экономическими силами, неподконтрольными российской армии или полиции.

В целом, политику российского правительства в отношении евреев можно понять как результат неразрешенного противоречия между интеграцией и сегрегацией — противоречия, которое вылилось в противоречивые законы и постановления, сохранявшиеся со времен Екатерины Великой (р. 1762-1796) до падения династии Романовых зимой 1917 года. Законодательство Екатерины в отношении евреев в одно и то же время способствовало их обособлению от остального населения путем утверждения их общинной автономии и религиозных институтов и поощряло их интеграцию в новые административные институты, которые она создавала — купеческие гильдии, городское самоуправление и юридически определенные ремесленные объединения. Новая классификация русского населения не выделяла евреев в самостоятельное сословие (по-русски называемое сословьем), а включала их в городские сословия: либо в сословие горожан (мещанство), либо, если они были достаточно богаты, в купеческие гильдии (купечество). Однако тот факт, что во многих областях, особенно на Украине, евреи в подавляющем большинстве проживали в деревнях и сельских поселениях, противоречил политике Екатерины с самого начала, поскольку сельское проживание было запрещено членам мещанского сословия. Таким образом, евреи были косвенно освобождены от основного запрета, налагаемого на большинство членов их сословия. Периодически это исключение отменялось, и евреям запрещали жить в сельской местности и заставляли переселяться в города; эти действия (никогда не имевшие большого успеха) рассматривались евреями (и некоторыми более поздними историками) как дискриминационные и деспотичные.В целом, основные правила, касающиеся проживания евреев, представляли собой неопределенную смесь интеграционистских и сегрегационистских намерений и реалий: в условиях государственной и правовой системы, в которой никто не имел естественного права жить где угодно, а проживание рассматривалось как привилегия, предоставляемая государством, евреям было разрешено проживать в тех районах империи, в которых они жили на момент аннексии; законодательство вскоре оформило эти районы в Палею еврейского поселения. Ходатайства отдельных евреев о проживании за пределами Палеи почти всегда отклонялись, но по мере расширения империи, особенно в области, известной как Новая Россия (южная Украина), евреям разрешалось, а в некоторой степени и поощрялось, переселяться на эту новую территорию, включавшую город Одессу, который вскоре стал одним из главных еврейских центров мира.

Противоречие между интеграцией и сегрегацией в законодательстве Екатерины в отношении евреев только усугубилось в последние годы ее правления, когда в ответ на Французскую революцию она отступила от политики реформ и веротерпимости, основанной на Просвещении. Непродолжительное правление Петра III (1796) и Павла I (1796-1801) практически не повлияло на еврейскую политику, то же самое можно сказать и о правлении Александра I (1801-1825), во время которого евреи в основном сохранили тот правовой статус, который они имели при польском правлении. Александр I объявил новую политику, предлагая евреям бесплатную землю для работы в качестве фермеров, если они перейдут в русское православие, но это предложение не пользовалось популярностью. Тем не менее, несмотря на отсутствие правительственной инициативы в отношении евреев в эти десятилетия, реальность того, что они живут в государстве, значительно отличающемся от разрушенной Речи Посполитой, постепенно начала становиться очевидной для евреев. В 1803 году российское правительство при Александре I издало первый полный сборник законов, касающихся евреев, известный как «Положения» 1803 года, но они имели мало практического влияния на еврейскую общину. Более существенным было вторжение Наполеона I в 1812 году на территорию Палестинского поселения, что привело к правовым изменениям в польских частях империи. Но после поражения Наполеона ситуация вернулась к состоянию, существовавшему до вторжения.

Эта новая реальность стала очевидной в правление Николая I (1825-1855), во время которого напряжение между сегрегацией и интеграцией склонилось к последнему полюсу, но, в резком контрасте с опытом евреев на Западе, привело к политике и реалиям, которые большинство евреев считали формальным преследованием, а не возможностью освобождения. Наиболее важным было то, что правительство Николая отменило законы, освобождавшие мужчин-евреев от службы в армии, как и мужчин-горожан, и обязало еврейские общины отбирать и представлять к 25-летней военной службе определенное количество мужчин в каждом призывном контингенте. Кроме того, для евреев были открыты кантонистские батальоны, впервые созданные Петром I для обучения солдатских детей мужского пола (которые принадлежали к армии с рождения). Теперь перед лидерами еврейских общин стояла возможность отправить маленьких детей в армию вместо их отцов — ужасный выбор, напоминающий ужасные дилеммы, с которыми столкнулись еврейские советы во время Второй мировой войны. Большинство евреев считали, что большинство детей призывников, а также многие взрослые солдаты, будут обращены в христианство и потеряны для иудаизма и своих семей.Раскол и социальная неустроенность, вызванные призывной политикой Николая I, наложили неизгладимый отпечаток на внутреннее руководство российского еврейства, которое, как считалось, отдавало предпочтение собственным сыновьям, а также сыновьям богатых, образованных и социально связанных людей. Лидеров общин обвиняли в преследовании бедных и политически слабых слоев еврейского общества. В качестве еще одного интеграционного шага с неожиданными последствиями российское государство в 1844 году учредило специальные школы для еврейских детей, предназначенные для обучения их русскому языку и основным светским дисциплинам. Маскилим, приверженцы еврейского просветительского движения, приветствовали эти школы и управляли ими, но традиционалистское большинство боялось и ненавидело их. Наконец, в том же году правительство Николая I официально упразднило кагал, исполнительный орган автономной еврейской общины, передав евреев под формальный контроль местных государственных властей; в то же время, однако, евреям было разрешено вести свои собственные дела, если эти дела считались аспектами еврейской религиозной практики.

Различие между религиозными и светскими делами, однако, никогда не было четко определено, и до сих пор мешает историкам, изучающим сохранившиеся документы российских еврейских общин, чтобы установить, как они управлялись после отмены кагала.

Правление Александра II (1855-1881), царя-освободителя, сохранило и расширило политику интеграции евреев в российскую политику, но под гораздо более либеральным прикрытием, чем у его предшественника: воинская повинность детей была объявлена вне закона, было расширено проживание евреев за пределами Палестинского поселения, а также сняты экономические и образовательные ограничения против евреев. Многие еврейские интеллектуалы ожидали скорой эмансипации евреев как части Великих реформ, которые перестроили российское общество и управление. Но такой эмансипации так и не последовало, более того, темпы реформ значительно замедлились в последние годы царствования Александра II. Более того, все эти усилия были сведены на нет после его убийства в 1881 году революционными террористами и вступления на престол его сына, Александра III (1881-1892). Пытаясь превратить императорскую Россию фактически в полицейское государство, новый император взял на себя обязательство остановить волну революционных настроений в стране, отменив либеральную политику своего отца во всех сферах жизни, в том числе и в отношении евреев.

Маятник интеграции и сегрегации качнулся в обратную сторону: новые ограничения ограничили число евреев, допущенных в российские учебные заведения и к профессиям, особенно к адвокатуре; евреев все чаще обвиняли и наказывали за экономические трудности российского государства, а главное — за подъем революционного движения. Хотя, как уже упоминалось выше, современные исследователи считают, что погромы, вспыхнувшие против евреев на Украине в 1881-1882 годах, не планировались и даже не одобрялись правительством, антиеврейское законодательство государства способствовало формированию почти всеобщего представления о том, что эти нападения были либо подстроены царским режимом, либо, по крайней мере, потворствовали ему. В 1882 году правительство издало законы, направленные на сокращение еврейского присутствия в деревнях Палеопоселения; они были известны как Майские законы. Хотя их часто неверно интерпретируют как запрет на любое еврейское поселение в деревнях, на самом деле они относились только к новым еврейским поселениям за пределами городов и поселков. После издания этих законов царский режим учредил ряд комитетов для изучения положения евреев в империи, самым известным и долговечным из которых была комиссия Палена, работавшая с 1883 по 1887 год и рекомендовавшая еще больше ограничить статус евреев в империи.

Аналогичным образом, начало расти мнение, что растущая эмиграция евреев из Российской империи на Запад и зарождение современного еврейского национализма — движения, которые фактически предшествовали началу погромов — были вызваны непосредственно и в одностороннем порядке антисемитской политикой Александра III. Это представление, превращенное Симоном Дубновым и его последователями, а также приверженцами новых националистических движений в практически исторический трюизм, определило образ отношения российского государства к евреям на десятилетия вперед.

Правление последнего царя, Николая II (1892-1917), было отмечено радикальным и очень сложным переходом от политики, благоприятствующей сегрегации, к политике, благоприятствующей интеграции евреев. В течение первых 13 лет правления Николая II ограничения в отношении евреев сохранялись, а в некоторых случаях усиливались. Во время Песаха 1903 года произошел крупный погром евреев Кишинева, тогдашней столицы Бессарабии (ныне Молдова). Десятки евреев были убиты и неизвестное число изнасилованы. Хотя современники того времени повсеместно считали, что российское правительство либо ответственно за этот погром, либо сочувствовало ему, последние исследования утверждают, что ни то, ни другое не было правдой; более вескими причинами были малочисленность и некомпетентность сил российской армии и местного ополчения в этом районе. Однако погром стал огромным потрясением для веры в эмансипацию евреев в России, которой тогда придерживалось большинство российских евреев, привел к организации еврейских организаций самообороны и, вероятно, ускорил эмиграцию.Однако после революции 1905 года, в результате которой царь был вынужден предоставить своим подданным определенную конституционную свободу, многие ограничительные законы, ограничивающие участие евреев в гражданской жизни России, были отменены. Евреям было разрешено голосовать на выборах в новый парламент и создавать легальные политические партии. Таким образом, опять же в резком контрасте с опытом евреев на Западе, евреи в Российской империи фактически получили политические права до того, как получили юридическую эмансипацию — возможно, это самый яркий пример сохраняющегося напряжения между интеграцией и сегрегацией.

В Киеве с 1911 по 1913 год происходило, возможно, самое известное в современной истории дело о кровной мести, в котором утверждалось, что киевский еврей Мендель Бейлис зарезал маленького христианского ребенка с целью ритуального убийства. Это привело к судебному процессу, который освещался мировой прессой, и хотя российское правительство упорно добивалось осуждения Бейлиса, в конечном итоге он был оправдан присяжными, состоявшими из неевреев. В его защите принимали участие выдающиеся российские и еврейские адвокаты того периода, что было истолковано идеологически как доказательство огромного масштаба российского антисемитизма и силы антицаристских сил в российском обществе.

Противоречия усилились в последние годы правления Николая II. С одной стороны, правила, регулирующие выборы, все больше ограничивали право голоса евреев; с другой стороны, когда Россия вступила в мировую войну и регионы, в которых проживало самое большое еврейское население в мире, были охвачены боями, российское правительство было вынуждено летом 1916 года упразднить черту оседлости в качестве временной меры, призванной справиться с сотнями тысяч евреев, бежавших с фронта и наводнивших внутренние районы России. В то же время более полумиллиона евреев гордо и храбро служили в русской армии, даже когда их единоверцы сталкивались с обвинениями в нелояльности и даже предательстве со стороны верховного командования. Таким образом, до самых последних дней существования Российской империи проявлялись напряженность и противоречия между интеграцией и сегрегацией евреев, пока в феврале-марте 1917 года не распалась сама династия Романовых. В одном из своих первых актов новое Временное правительство отменило все законы, дискриминирующие граждан России по религиозному или национальному признаку; таким образом, евреи были эмансипированы.